専攻科とは、高専5年間の課程卒業者を対象にさらに高度の教育・研究が行えるように設置された2年制の課程です。
機械工学と電子工学を基礎とする、機械・電子システム工学専攻と、建築学と都市システム工学を基礎とする、建築・都市システム工学専攻の2専攻があります。
一定の要件を満たして専攻科を修了すると、大学学部卒業と同様に学士の学位を取得できます。
また、本校には日本技術者教育認定機構（JABEE）の認定を受けた「共生システム工学」教育プログラム（履修期間：学科4、5年生と専攻科）が設置されており、専攻科入学生はその履修対象者となります。
主な進路（就職・進学）
ダイハツ工業（株） 日立機電工業（株） 松下電器産業（株） 神戸製鋼所（株） 三井住友建設（株） 東亜建設工業（株） 国土交通省 兵庫県庁 加古川市役所 高砂市役所 など
東京大学大学院 京都大学大学院 大阪大学大学院 神戸大学大学院 東北大学大学院 名古屋大学大学院 京都工芸繊維大学大学院 大阪市立大学大学院 など